Le conseil médical se réunit pour traiter des questions spécifiques liés à l'état de santé individuel des agents :

• soit formation restreinte (médecins exclusivement) essentiellement compétente pour les maladies non professionnelles ;
• soit formation plénière (médecins et représentants des personnels) intervenant en matière d’accident de service, maladies professionnelles et invalidité, notamment.